Esta dinámica no funciona sólo a escala de países, sino también entre empresas: si una empresa colombiana desarrolla un proyecto de disminución de emisiones de CO2 de forma voluntaria y está interesada en vender su cuota a otra que esté obligada a reducir sus gases contaminantes en otro país, puede hacerlo sin problemas, a través del Mercado de Carbono. Los proyectos que reducen dichas emisiones suelen estar referidos a energía, transporte, agricultura, re-utilización de residuos.

La FAO menciona los siguientes ejemplos de proyectos de Desarrollo Limpio (MDL).
Evitar metano: una empresa de energía y fertilizantes obtenidos de los vertidos de desperdicios del ganado en Pakistán.
Biogás: captura y combustión de metano derivada del tratamiento de estiércol en Armenia.
Producción de biomasa: generación de electricidad a partir de los residuos del cultivo de mostaza en India.
Programa de reforestación: plantación de árboles para madera, leña y producción de forraje en tierras degradadas de Bagepalli, India.
Forestación de pastos: establecimiento y manejo de plantaciones forestales en Tanzania.

Para los críticos con este modelo, el sistema de bonos no contribuye a reducir la concentración de CO2 en la atmósfera, ni mitiga el calentamiento global, que era el objetivo del Protocolo de Kioto, ideólogo de los bonos de carbono, hace ya más de quince años. En esta década y media, han recibido también críticas como que los grandes proyectos (con gran volumen de reducciones) tienen pocos beneficios para la población local, y los pequeños proyectos encuentran muchas dificultades. Además, muchos de estos proyectos se vienen desarrollando en países emergentes, no en los industrializados, que son los más contaminantes.